専用の内視鏡スコープを肛門から体内に挿入し、肛門・直腸・S状結腸・下行結腸・横行結腸・上行結腸・盲腸または回腸終末部の中を直接目視で確認をしながら何か異常がないかを見ていきます。
X線やCT検査などで指摘することができないポリープや大腸がんを発見するために大腸カメラ検査は有効な手段とされています。炎症や潰瘍、がんが疑われる病変があった場合には観察を行いつつ必要に応じて組織生検(粘膜の一部を少し採取すること)を行い顕微鏡でどういったものなのかを調べることも可能です。また大腸ポリープを同時に切除することもあります。